一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

公爵家的千金小姐莉莉，大婚前夜卻撞破了未婚夫王子與姐姐私通，被二人喂下毒藥，丟進荒郊。命懸一線時，被戴著面具的怪物所救，怪物自稱王儲艾薩克，中了一種月圓之夜會變身嗜血怪物的詛咒，只有莉莉的血能緩解。艾薩克承諾幫莉莉復仇，作為交換，莉莉需要嫁給自己，并幫他尋找解決詛咒的方法……

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

自從人類發現上層大陸并大舉遷移，被留在暗夜大陸的人們只能在黑暗種族的壓迫下艱難求生。主角萬流童年時家鄉被血族屠遍，全村僅有萬流一人逃過一劫，萬流立誓復仇。可他的仇人竟是黑暗種族中萬年一見的天才加爾威廉！ 萬流并未因此氣餒，哪怕面對常人難以承受的磨練，哪怕遭遇陷害身陷絕境，哪怕孤身對抗來自人類與黑暗種族兩方的壓迫也絕不放棄。突破！變強！直抵帝君之位！為了復仇，也為了改變這混亂的世界！